Cotemar opera en una de las zonas de mayor importancia por su biodiversidad en México. Ciudad del Carmen, Campeche, ubicada sobre la isla del mismo nombre, divide el Golfo de México de la Laguna de Términos, el estuario más grande del país, Área de Protección de Flora y Fauna, y declarada sitio Ramsar (humedal de importancia internacional). Este espacio natural es el hogar de 262 especies de aves, 196 viven de forma permanente y 66 usan la zona en sus migraciones.